生物工程专业由福州大学和台湾铭传大学联合培养，致力于培养适应21世纪经济建设需要，德智体美劳全面发展，具有社会责任感和道德修养、良好的心理素质，具备创新意识与团队精神，具有系统扎实的生物工程基础理论、掌握现代生物技术的基本技能，能胜任生物工程产品开发研究、工艺设计、检测分析、技术监督、生产管理等工作的生物工程领域领军型人才。完成学业后，通过锻炼和发展，能成为生物工程、生物医药与制品、食品工程、生物检测、海洋资源开发与利用和生态环境等领域的技术或管理骨干；亦可深造进修,在高等院校、科研机构和高新技术企业从事教学科研与产品开发工作。2024年录取新生采取“4+0”培养模式，学生本科四年的学程全部在福州大学完成。